Cystein wird als Mehlbehandlungsmittel eingesetzt. Es trägt zur beschleunigten Mehlreifung bei, was insbesondere bei automatisierten Backvorgängen, beispielsweise für Kekse, von großer Bedeutung ist. Es wird Teigen aus stark glutenhaltigen (kleberstarken) Mehlen beigegeben, da es die Klebereigenschaften von Mehl verändert, indem es den Dehnwiderstand durch Reduktion von Disulfidbrücken der Kleberproteine herabsetzt.[19] Daneben wird Cystein bei Diätzubereitungen, Futtermittel, Arzneimitteln und Kosmetika eingesetzt. Ferner ist es ein Grundstoff zur Aromaerzeugung, insbesondere für Fleisch- und Röstaromen.